孔令義教授是國家藥典委員會委員、中國藥學會中藥和天然藥物專業委員會副主任委員、世界中醫藥聯合會中藥化學分會副會長兼秘書長、中華中醫藥學會中藥化學分會副主任委員、教育部高等學校中藥學類專業指導委員會委員、全國中醫藥高等教育學會中藥教育研究會副理事長、國家自然科學基金委員會醫學科學部專家評審組成員。SCI源刊物《Chinese Journal of Natural Medicines》執行副主編,《Journal of Asian Natural Product Research》、《藥學學報》、《中國藥學雜志》和《中國中藥雜志》等學術期刊編委。
研究領域為天然藥物化學和中藥化學,研究方向包括中藥和天然藥物活性成分的提取分離、結構測定、結構修飾、生物轉化、全合成、構效關系和生物活性研究,以及在此基礎上開展的新藥開發研究工作。主持承擔國家杰出青年科學基金項目、國家自然科學基金重點項目、國家自然科學基金面上項目、“重大新藥創制”國家科技重大專項、教育部重大項目培育計劃項目等多項國家和部省級科研項目。以通訊作者或第一作者在《Organic Letters》、《Tetrahedron》、《Tetrahedron Letters》、《Journal of Natural Products》、《Phytochemistry》、《Planta Medica》、《Journal of Agriculture and Food Chemistry》、《Journal of Chromatography A》和《藥學學報》等國內外重要刊物發表學術論文330余篇,其中SCI源刊收錄265篇。出版著作7部,申請專利12項,獲專利授權10項。