華中農(nóng)業(yè)大學(xué)信息學(xué)院生物信息研究生導(dǎo)師：張紅雨

• 2026考研英語(yǔ)全程班 6班
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姓名：張紅雨

性別：男

職稱(chēng)：教授

學(xué)位：博士

電話：027-87280877

郵箱：zhy630@mail.hzau.edu.cn

工作單位：

華中農(nóng)業(yè)大學(xué)信息學(xué)院

研究方向：

生物信息學(xué)；系統(tǒng)生物學(xué)

教育經(jīng)歷：

1988.09-1992.07 山東大學(xué)生物系 理學(xué)學(xué)士

1992.08-1997.01 中國(guó)科學(xué)院生物物理研究所 理學(xué)博士

主要職歷：

1997.02-1998.10 山東師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 講師

1998.11-2000.06 山東師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 教授

2000.07-2009.01 山東理工大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 教授、博導(dǎo)

2009.02-2014.06 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院 教授、博導(dǎo)

2014.07至今 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)信息學(xué)院 院長(zhǎng)（農(nóng)業(yè)生物信息湖北省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室主任、楚天學(xué)者特聘教授）

科研成果：

先后主持國(guó)家自然科學(xué)基金6項(xiàng)、973項(xiàng)目課題1項(xiàng)。在國(guó)際期刊發(fā)表SCI論文160余篇，SCI他引3000余次。1篇論文被Thomson Scientific評(píng)為T(mén)op 1%論文，1篇論文入選Faculty of 1000 Biology，1篇論文入選ScienceDirect Top 25 熱點(diǎn)論文。取得的主要科研進(jìn)展如下：

1.蛋白質(zhì)起源：基于小分子的保守性，使用小分子作為分子化石追溯了蛋白質(zhì)的起源歷程，提出“蛋白質(zhì)起源的小分子誘導(dǎo)/選擇模型”，得到初步實(shí)驗(yàn)結(jié)果的支持（Ji et al. 2007）。

2.代謝進(jìn)化：根據(jù)代謝物分子化石的地質(zhì)年代，標(biāo)定了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的分子鐘，追溯了有氧代謝起源等重要進(jìn)化事件，深化了對(duì)生物化學(xué)與地球化學(xué)共進(jìn)化的認(rèn)識(shí)（Wang et al. 2011；Kim et al. 2012）；用化學(xué)信息學(xué)方法探討了代謝產(chǎn)物在化學(xué)空間中的進(jìn)化規(guī)律，揭示了代謝網(wǎng)絡(luò)組織與進(jìn)化的化學(xué)基礎(chǔ)，解釋了氧氣促進(jìn)代謝進(jìn)化的分子機(jī)制（Zhu et al. 2011；Jiang et al. 2012）。

3.系統(tǒng)調(diào)控與進(jìn)化：用藥物作為分子探針，結(jié)合其作用靶標(biāo)信息，鑒別出12個(gè)轉(zhuǎn)錄因子與基因模塊之間的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（Xiong et al. 2014）；將3D基因組學(xué)引入進(jìn)化領(lǐng)域，從染色質(zhì)空間組織的角度探討了重復(fù)基因維持劑量平衡的機(jī)制（Xie et al. 2016）。

4.藥物發(fā)現(xiàn)：將進(jìn)化生物學(xué)的概念和方法引入藥物發(fā)現(xiàn)領(lǐng)域，揭示了藥物靶標(biāo)的進(jìn)化特征和天然產(chǎn)物多靶標(biāo)作用的進(jìn)化起源（Ji et al. 2009；Zhang et al. 2010）；從靶標(biāo)遺傳學(xué)角度揭示了藥物活性的決定機(jī)制，建立了藥物活性預(yù)測(cè)的系統(tǒng)化學(xué)遺傳學(xué)方法（Wang and Zhang 2013）。

代表性論文：

1. Xie T., Yang Q.-Y., Wang X.-T., McLysaght A.*,Zhang H.-Y.* (2016) Spatial colocalization of human ohnolog pairs acts to maintain dosage-balance. Mol. Biol. Evol. 33: 2368-2375. (*corresponding authors)

2. Xiong M., Li B., Zhu Q., Wang Y.-X.,Zhang H.-Y.* (2014) Identification of transcription factors for drug-associated gene modules and biomedical implications. Bioinformatics 30: 305-309. (*corresponding author)

3. Peng C.*, Fu L.-Y., Dong P.-F., Deng Z.-L., Li J.-X., Wang X.-T.,Zhang H.-Y.* (2013) The sequencing bias relaxed characteristics of Hi-C derived data and implications for chromatin 3D modeling. Nucleic Acids Res. 41: e183. (*corresponding authors)

4. Wang Z.-Y.,Zhang H.-Y.* (2013) Rational drug repositioning by medical genetics. Nat. Biotechnol. 31: 1080-1082. (*corresponding author)

5. Jiang Y.-Y., Kong D.-X., Qin T., Li X., Caetano-Anollés G.,Zhang H.-Y.* (2012) The impact of oxygen on metabolic evolution: a chemoinformatic investigation. PLoS Comput. Biol. 8: e1002426. (*corresponding author)

6. Kim K. M., Qin T., Jiang Y.-Y., Chen L.-L., Xiong M., Caetano-Anollés D.,Zhang H.-Y.*, Caetano-Anollés G.* (2012) Protein domain structure uncovers the origin of aerobic metabolism and the rise of planetary oxygen. Structure 20: 67-76. (*corresponding authors) (Preview: Saito, M. A. Structure 2012, 20: 1-2) (Featured by Science News: http://news.sciencemag.org/sciencenow/2012/01/the-first-oxygen-users.html)

7. Wang M., Jiang Y.-Y., Kim K. M., Qu G., Ji H.-F., Mittenthal J. E.,Zhang H.-Y.*, Caetano-Anollés G.* (2011) A universal molecular clock of protein folds and its power in tracing the early history of aerobic metabolism and planet oxygenation. Mol. Biol. Evol. 28: 567-582. (*corresponding authors)

8. Zhu Q., Qin T., Jiang Y.-Y., Ji C., Kong D.-X., Ma B.-G.,Zhang H.-Y.* (2011) Chemical basis of metabolic network organization. PLoS Comput. Biol. 7: e1002214. (*corresponding author)

9.Zhang H.-Y.*, Chen L.-L., Li, X.-J., Zhang J. (2010) Evolutionary inspirations for drug discovery. Trends Pharmacol. Sci. 31: 443-448. (*corresponding author)

10. Ji H.-F., Li X.-J.,Zhang H.-Y.* (2009) Natural products and drug discovery. EMBO Rep. 10: 194-200. (*corresponding author)

11. Ji H.-F., Kong D.-X., Shen L., Chen L.-L., Ma B.-G.,Zhang H.-Y.* (2007) Distribution patterns of small-molecule ligands in the protein universe and implications for origin of life and drug discovery. Genome Biol. 8: R176. (*corresponding author)

12.Zhang H.-Y.*, Sun Y.-M., Wang X.-L. (2003) Substituent effects on O-H bond dissociation enthalpies and ionization potentials of catechols: a DFT study and its implications in rational design of phenolic antioxidants and elucidation of structure-activity relationships for flavonoid antioxidants. Chem. Eur. J. 9: 502-508. (*corresponding author) (ESI Top 1% paper)

備注：

2016年當(dāng)選中國(guó)空間科學(xué)學(xué)會(huì)理事、中國(guó)細(xì)胞學(xué)會(huì)功能基因組信息學(xué)與系統(tǒng)生物學(xué)分會(huì)理事。

2013年作為團(tuán)隊(duì)帶頭人入選湖北省自然科學(xué)基金創(chuàng)新群體。

2012年入選湖北省高端人才引領(lǐng)培養(yǎng)計(jì)劃。

2011年獲得教育部自然科學(xué)二等獎(jiǎng)（第一完成人）。

2005年獲得中國(guó)化學(xué)會(huì)青年化學(xué)獎(jiǎng)。

1999年獲得第三屆中國(guó)藥理學(xué)會(huì)Servier獎(jiǎng)。